La investigación se realizó en la región Ayacucho, en las comunidades de Kishuarcancha, Manallasac y Sachabamba, distrito de Chiara, con el objetivo de identificar los sistemas de producción de quinua y su efecto en la sostenibilidad de los agroecosistemas. Se aplicaron encuestas a una muestra de 92 productores de quinua, los datos se analizaron agrupando 24 variables cualitativas y cuantitativas y se evaluaron las relaciones establecidas entre los componentes biofísicos, agronómicos y tecnológicos, asociados a los subsistemas agrícolas. Se identificaron cuatro sistemas de producción de quinua, orgánica, limpia o mixta, convencional y tradicional. De estos, los más predominantes son el sistema orgánico y mixto; la producción convencional se ha relegado al tercer lugar y la producción tradicional al cuarto lugar. Los factores determinantes en el cambio y crecimiento de los sistemas de producción probablemente sean la edad de los agricultores, su nivel de educación y la presencia de empresas exportadoras, cooperativas y otros agentes que promueven la producción orgánica y producción mixta que aseguran mercado y buenos precios para la quinua. Por otro lado, algunos cambios en las labores culturales y el incremento de insumos externos de diversa naturaleza y la mecanización podrían afectar la sostenibilidad del cultivo.