El objetivo de la presente investigación fue identificar y caracterizar el agente causal de la pudrición de la raíz y el tallo del maíz. Se ejecutó en dos fases: en campo y en laboratorio. El muestreo se hizo en la provincia de Yungay, localidades de Mancos, Ranrahirca, Huarascucho, Yungay y Cañasbamba. La muestra fue de cinco parcelas por localidad, y cinco muestras por parcela; con un total de 125 muestras entre raíces y tallos; las muestras fueron procesadas mediante las técnicas de cultivo en medio Papa Dextrosa Agar Oxitetraciclina-PDAO. También se procesó semillas de maíz obtenidas de comerciantes con la técnica de cámara húmeda. Desarrolladas las colonias de hongos en el medio de cultivo PDAO se procedió a hacer montajes microscópicos de las estructuras y su caracterización e identificación haciendo uso de claves taxonómicas incluidas en la bibliografía. De las muestras de campo se aisló el hongo Fusarium moniliforme en 60%; también se aislaron Exserohilum turcicum, Nigrospora oryzae, Rhizoctonia solani, y otros hongos de menor importancia: Phoma sp, Penicillium sp, y Bipolaris maydis. En las muestras de semillas se encontró: Cladosporium sp. 53 %, Fusarium moniliforme 35%, Phoma sp. 35 %, y Fusarium sp. 9%, Concluimos que Fusarium moniliforme es el agente causal principal de la pudrición de la raíz y tallo del maíz en el Callejón de Huaylas.